Fratello cadetto del conte di Arona Giberto II, padre di san Carlo Borromeo, e cognato di Gian Giacomo Medici detto il Medeghino, Giulio Cesare Borromeo nasce ad Arona (No) il 15 novembre 1517. Come figlio ultrogenito viene destinato a intraprendere la carriera ecclesiastica e ancora giovanissimo è nominato Abate dei Santi Graziano e Felino. Con l’investitura nel 1539 dell’abbazia benedettina dei SS. Graziano e Felino d’Arona, ottiene il beneficio ecclesiastico, anche se la sua educazione è esclusivamente militare. Nel 1550, in clima di Controriforma, deve rinunciare all’abbazia in favore del nipote Carlo, appena dodicenne.
Fin dall’età di sedici anni Giulio Cesare Borromeo serve nell’esercito di Carlo V, prima come uomo d’armi poi alla testa di una condotta di cavalleggeri, nelle guerre contro i protestanti in Germania. L’esperienza acquisita nel campo dell’architettura militare gli vale nel 1556 la nomina a sovrintendente delle fortificazioni imperiali del Piemonte, e in tale qualità si occupa in particolar modo dei castelli delle città di Asti e di Vercelli. Le lotte che hanno sconvolto la Lombardia negli anni precedenti avevano spinto il governo spagnolo a predisporre un vasto piano di fortificazioni delle principali città e terre imperiali, nell’ambito del quale rientrava la recinzione e fortificazione di Milano e del suo castello, affidate dal 1548 alla cura personale del governatore dello Stato, Ferrante Gonzaga.
Nel 1551 sposa a Milano la nobile Margherita Trivulzio, figlia di Renato, signore di Formigara, e di Isabella Borromeo dei Conti d’Arona, la quale gli porta in dote la quarta parte dei beni di Formigara nel Cremonese. Otto anni più tardi viene nominato governatore di Domodossola, soprattutto per i meriti acquisiti durante la discesa dei Francesi in Italia, durante la quale egli si è affrettato a fortificare la rocca di Arona e ad assicurare quel presidio all’imperatore. Inoltre, quando i Francesi tentano di occupare la città di Vercelli, Giulio Cesare Borromeo, con tutta la gente che può radunare, tiene la cittadella e non permette che cada in mano dei nemici.
Giulio Cesare Borromeo muore a Milano il 5 agosto 1572: non ha ancora 55 anni. Per sua disposizione testamentaria viene sepolto nella tomba di famiglia in Santa Maria Podone di Milano. Il suo testamento lasciava eredi i figli Renato e Federico.
